Die Kliniken der Stadt Köln gGmbH bestehen aus den Krankenhäusern Holweide, Merheim sowie Kinderkrankenhaus Amsterdamer Straße (Riehl).

Um das Dienstleistungsangebot abzurunden, erbringen zentrale Einrichtungen viele verschiedenen Serviceleistungen für die einzelnen Krankenhäuser. In Teilbereichen nehmen auch Dritte diese Serviceleistungen der Kliniken der Stadt Köln gGmbH in Anspruch.

Derzeit gibt es folgende Zentrale Einrichtungen:
Apotheke
Institut für Aus-, Fort- und Weiterbildung
Institut für Pathologie
Zentrallabor
Zentrallager
Zentralwäscherei
Zentralverwaltung