Die Kliniken der Stadt Köln führten bereits 2003 das DRG-System ein. Verantwortlich für die Erfassung und Verschlüsselung von Diagnosen und Leistungen, die zur Abrechnung notwendig sind, ist die Abteilung Medizincontrolling. Weitere Aufgaben des Medizincontrollings sind u.a. das interne Berichtswesen für die Fachabteilungen, die Auseinandersetzung mit den Kostenträgern und dem Medizinischen Dienst der Krankenkassen (MDK) in strittigen Fällen und die Mithilfe bei der Vorbereitung der Budgetverhandlungen. Die stationäre Patientenverwaltung in den drei Krankenhäusern gehört ebenfalls zur Abteilung Medizincontrolling.

Die Leitung des Medizincontrollings hat Herr Claus. Er wird unterstützt von Herrn Peter Schmitz-Höhmann. Seit Januar 2002 sind insgesamt 8 dem Medizincontrolling zugeordnete Dokumentationsassistentinnen und -assistenten im Einsatz. Fast alle verfügen über Berufserfahrung als Krankenschwester oder Krankenpfleger. Ihre Aufgabe ist die Unterstützung der medizinischen Fachabteilungen in der Leistungserfassung sowie individuelle Beratung der Ärzte bei Fragen zur Kodierung.