Die Kliniken der Stadt Köln sind eine gemeinnützige Gesellschaft mit beschränkter Haftung (gGbmH), die sich zu 100 % im Besitz der Stadt Köln befindet. Die Gesellschaft wird durch  Geschäftsführer   Prof. Dr. med. Christian Schmidt MPH und Roman Lovenfosse-Gehrt geleitet. In der Betriebsleitung sind darüber hinaus die Ärztlichen Direktoren der drei Betriebsteile Holweide, Merheim und Kinderkrankenhaus Amsterdamer Straße, die Leitende Pflegedirektorin sowie die Leiterin der Finanzabteilung und die Referentin für Presse- und Öffentlichkeitsarbeit vertreten.

Als Kontrollorgan ist ein Aufsichtsrat eingerichtet. Der Rat der Stadt Köln hat folgende Personen in den Aufsichtsrat entsandt:
- Katrin Barion 
- Ursula Gärtner, MdR
- Bettina Houben
- Guido Kahlen, Stadtdirektor, Beigeordneter Dez. Allgemeine Verwaltung, Ordnung und Recht
-  Henriette Reker, Beigeordnete Dez. V - Soziales, Integration und Umwelt
- Michael Paetzold (Vorsitzender des Aufsichtsrats), MdR
- Stefan Peil (stellv. Vorsitzender des Aufsichtsrats), MdR
- Cornelia Schmerbach, MdR
- Dr. Sonja Stupp

Als Arbeitnehmervertreter/in sind
- Uschi Röhrig (Betriebsratsmitglied),
- Uschi Schmitt (Betriebsratsmitglied),
- Thomas Stiefelhagen (Betriebsratsmitglied) und
- Hartmut Steffens (Betriebsratsmitglied)
im Aufsichtsrat  vertreten.