Die Gastroenterologie ist neben der Nephrologie als Schwerpunkt der Medizinischen Klinik I zugeordnet. Die interdisziplinäre Endoskopie wird gemeinsam mit der Medizinischen Klinik II und der Klinik für Viszeral-, Gefäß- und Transplantationschirurgie betrieben. Neben Oberarzt Dr. B. Krakamp als Leiter und Dr. Philipp Oetting als viszeralchirurgischem Vertreter sind weitere zwei Gastroenterologen sowie zwei Ärzte in Weiterbildung tätig.

Das Spektrum der Diagnostik und Therapie erstreckt sich sowohl auf den Bereich der allgemeinen Gastroenterologie /Endoskopie als auch auf die Spezialbereiche Hepatologie und entzündliche Darmerkrankungen, coloproktologische Erkrankungen und Refluxprobleme. Die Betreuung von stationären Patienten mit diesen Krankheitsbildern erfolgt überwiegend auf der Station 313.  Herr Dr. Krakamp ist auch für die ambulante Untersuchung und Betreuung von Patienten ermächtigt. Diese Ermächtigung umfasst Überweisungen zu endoskopischen Untersuchungen sowie Konsultationen mit speziellen gastroenterologisch/ hepatologischen Fragestellungen von Kassenärzten.

Die großzügige Endoskopieabteilung (ca. 750 m²) ist seit 2006 in einem neuen Funktionstrakt am Klinikum Merheim untergebracht. Im Zuge der Baumaßnahme wurden die medizinisch-technische Ausstattung und die Einrichtung auf den allerneusten Stand gebracht. Die Abteilung gehört nun zu dem modernsten in Deutschland.  

Die Gastroenterologie ist mit 6 festen und 3 mobilen Video-Endoskopiearbeitsplätzen ausgestattet. Neben 50 Routineendoskopen stehen zahlreiche Spezialendoskope zur Verfügung. Es sind 2 Endosonographie-Arbeitsplätze, eine Laparoskopie-Einheit sowie ein eigenes Röntgengerät vorhanden. Das Endoskopiesystem arbeitet mit der computerisierten virtuelle Chromo-Endoskopie (CVC, "FICE" - Fujinon Intelligente Chromo-Endoskopie), die eine deutlich verbesserte Darstelltung durch eine "Färbung auf Knopfdruck" ermöglicht. Konturen und Gefäßversorgung werden hervorgehoben. Auffälligkeiten und Veränderungen der Schleimhaut können besser erkannt und dargestellt werden. Die Gastroenterologie-Abteilung ist Referenzzentrum der Firma Fuji für das Land Nordrhein-Westfalen. Pro Jahr erfolgen ca. 8.000 endoskopische Untersuchungen, die alle gängigen Untersuchungsverfahren, diagnostische und operative Untersuchungen incl. Bronchoskopie, beinhalten. Als erste Kölner Klinik hat die Medizinische Klinik I Merheim die Kapselendoskopie und die Doppelballon-Endoskopie eingeführt. In beiden Untersuchungsmethoden verfügt das Team daher über große Erfahrung, ebenso im Bereich Endosonographie.Für die Ultraschalldiagnostik stehen 3 Ultraschallarbeitsplätze zur Verfügung, an denen pro Jahr ca. 8.000 Sonographien (B-Mode, Duplex, Kontrastmittel- und Endosonographie) incl. Punktion und Drainageverfahren erfolgen. Ein bereichinternes Dokumentensystem macht es möglich, Patientinnen und Patienten die Befunde einschließlich farbiger Bilder direkt im Anschluss an die Untersuchung auszuhändigen.